Historia ta zaczęła się w Midgar, mieście napędzanym energią mako, w którym potężna korporacja Shinra, wykorzystała swój monopol na tę energię do opanowania wszelkich dziedzin życia i przejęcia władzy politycznej. Reaktory Shinry pokryły całe miasto i zbierały mako przetwarzając ją w skuteczne źród...
Godzilla zaatakowała Japonię po raz pierwszy około 50 lat temu. Od tej pory słuch o niej zaginął. Jednak z całego świata dochodzą niepokojące raporty, mogące oznaczać powrót Godzilli. Niespodziewanie, na niebie pojawia się wielki szerszeń. Następnie z głębin pewnego jeziora wynurza się wielka gą...